В 1967 году на Яре произошла революция, в результате которой был свергнут президент Габриэль Кастильо. Из-за этого Яра оказалась изолированной от мира на десятилетия, а её экономика — на грани коллапса. В 2014-м на выборах побеждает сын бывшего президента, Антон Кастильо. Он обещает создать в стране рай на земле с помощью торговли Вивиро — экспериментальным препаратом для лечения рака, который производят из местного табака. Для него, однако, нужно чрезвычайно токсичное удобрение, которое плохо влияет на здоровье рабочих. Семь лет спустя, Кастильо вводит «лотерею», по которой случайным образом выбираются рабочие для принудительного труда на плантациях. Когда Fuerzas Nacionales de Defensa (FND), вооруженные силы страны, начинают рейды в столице страны Эсперансе, трое друзей (Дани Рохас, Лита Торрес и Алехо Руис) пытаются сбежать и начать новую жизнь в США. Алехо убивают, а Дани и Лита попадают на рыбацкое судно с другими беженцами, направляющееся в Майами. Однако судно перехватывает сам Антон, поскольку на нём находится его сын Диего, также попытавшийся сбежать от отца. Антон приказывает потопить корабль. Дани и Лита остаются в живых, но Лита позже умирает от полученных ранений. Перед этим она просит Дани разыскать повстанческую группу Libertad, которую возглавляет Клара Гарсия. После того, как Дани помогает Кларе и оружейному мастеру Хуану Кортесу, он(а) решает примкнуть к повстанцам. Дани поручают склонить на сторону Libertad повстанцев в трёх регионах страны: в Мадругаде — семья Монтеро, имеющая влияние среди рабочих на плантациях. Они сражаются против генерала Хосе Кастильо, племянника диктатора с садистскими наклонностями, командующего военно-воздушными силами. в Валье-де-Оро — Máximas Matanzas, которые противостоят министру культуры Марии Маркессе (она же является матерью Диего), а также доктору Эдгару Рейесу, который и создал Вивиро. в Эль-Эсте — Легенды 67-го (группа старых революционеров, которые участвовали ещё в свержении отца Антона) и La Moral (студенты-анархисты). Их враги — адмирал Ана Бенитес, командующая флотом, и Шон МакКей, канадский бизнесмен, который импортирует химикаты для режима Кастильо. По мере прохождения игры Дани ещё дважды встречается с Диего: во время неудавшегося покушения на Антона в ходе его обращения к народу, и когда Дани похищает и пытает генерал Рауль Санчес, правая рука Кастильо. Они проникаются симпатией друг к другу, и Диего даже спасает Дани жизнь, убивая Санчеса и убеждая отца отпустить Дани. После объединения всех анти-кастильских сил под эгидой Либертад Дани узнаёт, что Кастильо схватил Клару под предлогом мирных переговоров и удерживает её в заложниках на своей вилле. Когда Дани пробирается туда, Антон признаётся, что страдает от лейкемии уже 13 лет, а Вивиро перестал помогать полгода назад. Будучи впечатлён талантами Дани и желая, чтобы у Диего был наставник после его смерти, Кастильо требует, чтобы Дани стал(а) его генералом в обмен на жизнь Клары. Хуан, который в это время прикрывает Дани со снайперской винтовкой, не может прицелиться в Антона и решает выстрелить в Диего, но Дани спасает его от пули. В ответ Кастильо убивает Клару, в результате чего неформальное лидерство в Либертад переходит к Дани. Отец и сын Кастильо возвращаются в Эсперансу, которая теперь окружена объединенными силами повстанцев. Происходит штурм столицы, Дани проникает в президентский дворец и врывается в кабинет Антона. Диего не хочет, чтобы он(а) убивал(а) его отца. Дани обещает защитить Диего, но Кастильо убежден, что сына будут пытать, так же как это делали с ним самим после предыдущей революции. Он стреляет в него, а потом совершает самоубийство. Перед смертью Диего утешает Дани, и его последние слова «Тебе повезло» отсылают к смерти Литы, которая использовала эту же фразу. Силы сопротивления единогласно провозглашают Дани новым лидером Яры, но Дани отказывается от власти. Похоронив Клару, они с Хуаном продолжают войну против оставшихся лоялистов Кастильо. В сцене после титров Хуан сбывает оставшийся Вивиро контрабандисту, который говорит, что убийство Антоном собственного сына — бессмысленный акт безумия.