Во вселенной «Акиры» Токио в 1988 году был уничтожен ядерным взрывом, после чего вспыхнула Третья мировая война. Действие манги происходит через 31 год после той катастрофы. Война закончена, на месте старой столицы построен новый город — Нео-Токио. Это огромный гнойник, сочащийся нищетой и преступностью, находящийся в шаге от революции, однако тоталитарное правительство пытается решить все проблемы исключительно силой.
Исследуя руины старого Токио, банда подростков-байкеров натыкается на странного ребенка, похожего на старика. Один из байкеров, Тэцуо Сима, попадает из-за него в аварию. После выздоровления в Тэцуо пробуждаются сверхъестественные способности, которые по мере роста все больше омрачают его разум, обостряя его чуство неполноценности и зависть к бывшему другу и главарю банды — Канэде. Канэда тем временем, пытаясь узнать больше о встреченном ими среди руин мальчике, узнает о секретном правительственном проекте под руководством полковника Сикисимы. Оказывается, военные уже давно ставят эксперименты на нескольких детях со способностями, подобными тем, что проснулись в Тэцуо. Увы, военным не всегда удается совладать с силами своих подопытных.